Die erste schriftliche Erwähnung von Habach finden wir in der Lebensbeschreibung des Hl. Ulrich, Bischof von Augsburg, die um 983 verfasst wurde. Habach war im 10. Jahrhundert ein Eigenkloster des Bischof Ulrich von Augsburg. In einer Freisinger Bistumsbeschreibung aus dem 8 Jhd. befindet sich die erste schriftliche Aufzeichnung vom Ortsteil Dürnhausen. Dort ist von einem Ort "Durfingshausen" die Rede. Im 11. Jhd. lebte auf der Burg südlich von Dürnhausen das Grafengeschlecht der Sigimare, sie waren unter anderem Stiftsvögte des Klosters Benediktbeuern.

1083 gründete Graf Norbert von Hohenwart aus seinen weit verstreuten Besitzungen das Chorherrenstift Habach, das bis zur Säkularisation 1802 den Ort und die nähere Umgebung prägte.

Das Stift hatte sechs Chorherren, wovon jeder sein eigenes Haus bewohnte. Die fast unveränderten Chorherrenhäuser prägen heute noch - so wie früher - die Hauptstraße des Ortes. Die Seelsorge in den fünf Ortschaften Dürnhausen, Hofheim, Riegsee, Hechendorf und Sindelsdorf, war die wichtigste Aufgabe der sechs Chorherren.

Das Chorherrenstift hatte um 1750 148 abgabepflichtige Höfe in der Umgebung. Habach hatte als offene Hofmark auch das Recht, die niedere Gerichtsbarkeit in seinem Bereich durchzuführen.

Die Ulrichskirche, mit ihrem imposanten Hochaltar, wurde 1668 eingeweiht. Bis 1668 standen auf dem "Kirchbichl" zwei Kirchen, die Ulrichs- und die Georgskirche.

Der 17.Juli 1704 war der schwärzeste Tag in der Geschichte von Habach. Große Teile des Ortes wurden von den Tirolern im Gefolge des spanischen Erbfolgekrieges in Brand gesetzt.

Durch die Säkularisation vor 1802 wurde das Chorherrenstift aufgelöst. Aus den Dörfern Habach und Dürnhausen wird die Gemeinde Habach gebildet.

1978 wird im Rahmen der Gebietsreform die Verwaltungsgemeinschaft Habach mit den Gemeinden Antdorf, Sindelsdorf und Söchering eingerichtet. Sitz der Verwaltungsgemeinschaft ist Habach.

Im Jahr 2005 zählte die Gemeinde Habach ca. 1080 Einwohner.